Plataforma de Genómica Funcional
Presentación
La plataforma de genómica funcional SJD (PGF-SJD) estudia las variantes genómicas de los pacientes para conocer su significado biológico y ayudar a determinar su relación con la enfermedad, analizando aspectos dinámicos del fenotipo celular, como son las funciones e interacciones entre genes y proteínas.
Desde la plataforma se ofrece apoyo al equipo médico en la toma de decisiones a partir de los resultados de los estudios genéticos que no son concluyentes.
Durante los últimos 7 años de experiencia, se han evaluado a 290 pacientes y se ha logrado establecer un diagnóstico en el 70% de los casos.
La plataforma está formada por investigadores y médicos con sólida experiencia en el ámbito de la genética y la medicina molecular.
Servicios y aplicaciones
Los servicios se estructuran en dos unidades:
- La Unidad de Diagnóstico de Precisión (UDP) para la validación funcional de variantes genéticas candidatas. En esta unidad se realiza el análisis in-silico, aproximaciones experimentales de genómica funcional y la discusión multidisciplinar de los casos para la toma de decisión diagnóstica.
- La Unidad de Terapia Personalizada (UTP) desde donde se apoya a los tratamientos excepcionales y ensayos preclínicos y clínicos mediante la investigación de dianas moleculares en estudios de reposicionamiento de fármacos y desarrollo de nuevas moléculas terapéuticas.
Al final del estudio se emite un informe con los resultados detallados, el informe biológico y la toma de decisiones conjunta con el equipo médico.
Las pruebas de genómica funcional se realizan bien in silico, in vitro o aplicando ambas aproximaciones para determinar el impacto biológico y patológico de las variantes genéticas. Los métodos incluyen análisis genéticos, moleculares y celulares, como son técnicas de PCR cuantitativa, clonación y expresión génica, secuenciación de DNA o cDNA, localización subcelular de proteínas, interacción entre proteínas, análisis de imagen celular mediante microscopía confocal, etc.
En los siguientes documentos se comparte información adicional orientada al equipo médico, así como un diagrama resumen de todos los servicios:
Equipos de laboratorio
- QX200 Droplet Digital™ PCR (Bio-Rad)
- QuantStudio™ 6 Flex (Applied Biosystems)
- GloMax® Navigator System (Promega)
- NovoCyte Flow Cytometer (ACEA Biosciences)
- Pulse 650 UltraSonic Homogenizer (Benchmark Scientific)
- iBright™ 1500 (Invitrogen)
- Ultracentrifuge CP80NX (Hitachi)
- Confocal Microscope Leica TCS SP8 (Leica Microsystems)
Experiencia y resultados
Desde que la plataforma entró en funcionamiento en 2019 se han analizado un total de 290 pacientes, de los cuales 227 casos se evaluaron dentro de la UDP con fines diagnósticos y 63 pacientes en la UTP con fines terapéuticos. Los casos de la UDP se incorporaron en el programa si cumplían alguno de los nueve criterios de inclusión indicado en el apartado Procedimiento.
Los criterios de inclusión mayoritarios han sido:
- El paciente era portador de una variante de significado clínico incierto (criterio 1).
- Incongruencia entre el fenotipo y el genotipo del paciente (criterio 2).
- La necesidad de búsqueda de diagnóstico mediante ómicas (criterio 8).
Los estudios confirmatorios de patogenicidad de la(s) variante(s) o de establecimiento positivo de relación causal entre el fenotipo y genotipos incongruentes (Tasa Diagnóstica Biológica) ha sido del 70,73%. Concretamente, de los 227 casos evaluados dentro de la UDP, se ha encontrado un impacto significativo en la biología de la variante del gen o del producto génico (RNA o proteína) en 145 casos. De estos 145 casos se logró un diagnóstico etiológico en 133 casos (6 variantes requerirían aproximación experimental y los otros 6 fueron genes nuevos sin entidad nosológica asociada en OMIM).
Ejemplos de estudios
A continuación, se adjuntan ejemplos de informes emitidos por la plataforma.
Publicaciones
Otras actividades
ClinVar de la Plataforma Genómica Funcional SJD
Tarifas
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Contacto
Para contactar con la plataforma se debe enviar un correo electrónico a genomicafuncionalSJD(ELIMINAR)@sjd.es
Para realizar una petición de servicio por parte del personal interno HSJD se debe proceder según se detalla en el documento adjunto.
